Trường Trung học cơ sở Cự Khê thành lập năm 1959, ban đầu có tên là “Trường cấp II phổ thông nông nghiệp” do thầy Đặng Văn Thuần làm Hiệu trưởng. Trường học nhờ tại khu nhà gác hai tầng cuối làng Cự Đà của nhà ông bà cả Đoán (Đinh Văn Đoán) - người làng Cự Đà buôn bán ở Hà Nội thời bấy giờ và một số lớp học nhờ ở chùa Linh Quang đầu làng Khúc Thủy, thu nhận học sinh trong xã và những vùng lân cận đến học.
Năm 1964, trường được đổi tên là “Trường cấp II Ba đảm đang” - trường toàn giáo viên nữ giảng dạy do cô giáo Ngô Thu Hồng làm Hiệu trưởng.
Năm 1976, trường được chuyển xuống học nhờ tập trung tại khu Miếu làng Khúc Thủy và được mang tên “Trường phổ thông cấp II Cự Khê” và kế tiếp lại được đổi thành “Trường THCS Cự Khê”. Lúc đó thầy Hoàng Thế Truyền rồi thầy Nguyễn Văn Tụng đến thầy Đặng Kim Sơn làm Hiệu trưởng.
Năm 1996, UBND xã và nhân dân trong xã đầu tư xây trường tại địa điểm Mả Giầu Giữa thuộc cánh đồng thôn Khúc Thủy với diện tích 4517 m­­­­­­­² do thầy Đặng Kim Sơn rồi thầy Vương Đình Bạo đến thầy Lã Bá Tuyển và hiện nay là thầy Nguyễn Thanh Tùng làm Hiệu trưởng. Đến năm 2012, trường được nhà nước đầu tư kinh phí xây dựng đồng bộ khu phòng hành chính quản trị, các phòng học bộ môn, các phòng chức năng và nhà giáo dục thể chất khang trang, hiện đại đảm bảo phục vụ hiệu quả việc dạy và học trong nhà trường.
Tập thể cán bộ giáo viên, nhân viên của nhà trường nhiệt tình, có tinh thần trách nhiệm, học sinh của trường ngoan, có ý thức học tập tốt. Điều kiện phục vụ cho công tác dạy và học của nhà trường được chú trọng đầu tư trang bị đầy đủ, thuận tiện cho việc dạy và học. Trường đã được UBND thành phố Hà Nội công nhận đạt chuẩn quốc gia năm 2013 và được công nhận lại chuẩn quốc gia năm 2020.
Trong những năm gần đây, tuy là một trong những trường có quy mô nhỏ cấp THCS của huyện Thanh Oai nhưng Trường THCS Cự Khê đã từng bước khẳng định được uy tín, chất lượng của nhà trường so với các trường trong huyện. Nhà trường đã xây dựng được đội ngũ giáo viên tương đối đồng đều về chuyên môn, nghiệp vụ. Nhiều năm liền trường là tập thể lao động tiên tiến. Hằng năm, trường đều có giáo viên tham gia Hội thi giáo viên dạy giỏi cấp huyện và đạt được thành tích cao. Nhiều cán bộ, giáo viên được công nhận danh hiệu chiến sĩ thi đua cấp cơ sở. Chất lượng giáo dục hằng năm của nhà trường được nâng cao, số lượng học sinh giỏi cấp huyện, cấp thành phố ngày càng tăng. Tỉ lệ học sinh tốt nghiệp THCS luôn đạt 100%, tỉ lệ học sinh lên lớp thẳng luôn đạt trên 98%, tỉ lệ học sinh đỗ vào THPT công lập ngày càng cao, chất lượng giáo dục đại trà ổn định và giữ vững.
Trải qua hơn 60 năm xây dựng và trưởng thành, biết bao thế hệ thầy cô giáo với lòng say mê nghề nghiệp, ý thức trách nhiệm cao và lòng tâm huyết của mình đã tích cực đóng góp trí tuệ, công sức để xây dựng nhà trường thành đơn vị có nhiều thành tích và truyền thống vẻ vang trong sự nghiệp “trồng người”.

                                                                                                                     Thanh Tùng